Mustafa Başkara, 2013 yılında Ankara Üniversitesi’nden Hukuk Lisansı almasının ardından 2016 yılında Londra Kraliçe Mary Üniversitesi’nde Uluslararası Deniz Hukuku alanında yüksek lisans eğitimini tamamlamıştır. Halihazırda Ankara Üniversitesi’nde Deniz Hukuku alanında doktora eğitimine devam etmektedir.

Profesyonel kariyerine 2016’da Uluslararası Denizcilik Örgütü’nde (IMO IMLI) staj yaparak başlamıştır v bu staj eğitimi sayesinde deniz hukuku alanında bilgi birikimini önemli derecede artırmıştır. Daha sonra, 2017-2021 yılları arasında Ankara Sosyal Bilimler Üniversitesi Hukuk Fakültesi’nde araştırma görevlisi olarak görev alarak akademik çalışma hayatına başlamıştır.

Mustafa Başkara, 2020-2022 yılları arasında Türkiye Cumhuriyeti Adalet Bakanlığı’nda Bakan danışmanı görevini üstlenerek hukuki politikaların şekillenmesinde etkili oldu.

Ayrıca, 28 Ocak 2021’den bu yana Ankara Üniversitesi Deniz Hukuku Ulusal Araştırma Merkezi’nde (DEHUKAM) Müdür olarak görev yapmaktadır. DEHUKAM’daki görevi neticesiyle Türk deniz hukuku ve politikalarının şekillenmesinde önemli bir rol oynamaktadır. Bu görevine ek olarak, 2023 yılından itibaren Mustafa Başkara UNEP/MAP Barselona Sözleşmesi kapsamında iklim değişikliği konusunda bölgesel faaliyet merkezi görevi üstlenen Akdeniz İklim Değişikliği Araştırma Merkezi (AİDAM) Direktörü olarak atanmıştır.